Геннадий Степанович, добрый день,
Для того, чтобы ответить на Ваш вопрос необходимо, прежде всего, разобраться в вопросе правового статуса этого бюджетного учреждения (НИИ).
Бюджетным учреждением признается некоммерческая организация, созданная Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях обеспечения реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий соответственно органов государственной власти (государственных органов) или органов местного самоуправления в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах. (п. 1 ст 9.2 ФЗ РФ от 12 января 1996 №7-ФЗ "О некоммерческих организациях" с изменениями и дополнениями). Бюджетное учреждение осуществляет свою деятельность в соответствии с предметом и целями деятельности, определенными в соответствии с федеральными законами, иными нормативными правовыми актами, муниципальными правовыми актами и уставом (п. 3 ст 9.2 ФЗ РФ от 12 января 1996 №7-ФЗ "О некоммерческих организациях" с изменениями и дополнениями). Бюджетное учреждение вправе осуществлять иные виды деятельности, не являющиеся основными видами деятельности, лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых оно создано, и соответствующие указанным целям, при условии, что такая деятельность указана в его учредительных документах. (абз. 2 п. 4 ст. 9.2 ФЗ РФ от 12 января 1996 №7-ФЗ "О некоммерческих организациях" с изменениями и дополнениями)
Соответственно, необходимо исследовать вопрос о том, является ли создание ООО бюджетным учреждением деятельностью, соответствующей целям его деятельности.
Кроме того, существует ряд других ограничений по внесению бюджетным учреждением имущества в уставный капитал создаваемого ООО. Например, бюджетное учреждение без согласия собственника не вправе распоряжаться особо ценным движимым имуществом, закрепленным за ним собственником или приобретенным бюджетным учреждением за счет средств, выделенных ему собственником на приобретение такого имущества, а также недвижимым имуществом (п. 10 ст. 9.2 ФЗ РФ от 12 января 1996 №7-ФЗ "О некоммерческих организациях" с изменениями и дополнениями) и ряд других (см. упомянутый закон).
Помимо этого, необходимо исследовать вопрос о том, будет ли внесение вклада в уставный капитал ООО подпадать под правила о приватизации.
Надеюсь, я дал примерный ответ в отношении того, каким образом анализировать планируемое создание ООО.
Готов ответить на Ваши вопросы после получения дополнительной информации.
